Innan vébanda VFÍ starfa deildir, svo sem sérgreinadeildir og landshlutadeildir. Sérgreinadeildir félagsins fjalla um málefni hinna ýmsu verkfræðigreina. Landshutadeildir eru samtök félagsmanna, búsettra í hinum ýmsu landshlutum. Deildir mega ekki koma fram opinberlega í nafni VFÍ nema með samþykki stjórnar. Stofnun deildar þarf samþykki stjórnar.
Innan félagsins starfa einnig faghópar sem starfa á svipaðan hátt og deildirnar og hafa það meginmarkmið að efla faglega þekkingu á viðkomandi sviði. Munur á deildum og faghópum er fyrst og fremst sá að einstaklingar utan félags geta verið í faghópum sem starfa innan vébanda VFÍ.
Innan VFÍ starfar Kvennanefnd og er markmið hennar m.a. að styrkja tengslanet kvenna og stöðu þeirra innan stéttarinnar.